为帮忙大家更快了解最新科研进展，掌握科研热点，扩展科研思路，伯豪生物特此推出最新高分文献速递系列推文。本期是2025年5月及6月最新发表的空间转录组相关高分文献集萃！
高分文献一01
标题：癌基因畸变驱动髓母细胞瘤的进展
文章标题：Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression,not initiation
期刊：Nature
影响因子：48.5
文章摘要：尽管在理解疾病生物学方面取得了最新进展，第三/四组髓母细胞瘤的治疗仍是儿童神经肿瘤学领域的治疗挑战。批量组学研究已发现第三/四组髓母细胞瘤存在显著的肿瘤间异质性——仅部分病例存在明确的单基因致癌驱动因素，而大多数病例以大规模拷贝数变异为主。然而，肿瘤内异质性、致癌基因畸变的作用，以及广泛拷贝数变异在肿瘤演进和治疗耐药中的机制，目前仍知之甚少。为剖析这种相互作用机制，我们采用单细胞技术（单核RNA测序[snRNA-seq]、单核转座酶可及染色质高通量测序[snATAC-seq]和空间转录组学）对一组已知携带MYC、MYCN和PRDM6致癌基因突变的3/4组髓母细胞瘤进行研究。研究表明，大规模染色体畸变是肿瘤发生的早期事件，而单基因致癌事件出现较晚且通常呈亚克隆分布，但MYC在疾病进展过程中可发展为克隆性突变，进而驱动肿瘤进一步发展和治疗抵抗。空间转录组分析显示，这些亚克隆大多分散在肿瘤组织中，但也存在明显的区域隔离现象。通过群体遗传学模型，我们推算出髓母细胞瘤始于妊娠首三个月的小脑单极刷状细胞谱系。这些发现证实了单细胞技术在早期检测和诊断这一致命疾病中的应用价值。
高分文献二02
标题：空间转录组学揭示了人类皮质层和区域的特异性
文章标题：Spatial transcriptomics reveals human corticallayer and areaspecification
期刊：Nature
影响因子：48.5
文章摘要：人类大脑皮层由六层和数十个在分子和结构上各不相同的区域组成。尽管单细胞转录组研究已经推进了人类皮层发育的分子特征描述，但由于细胞分离过程中丧失了空间背景，仍存在显著的差距。在此，我们使用了多重误差稳健荧光原位杂交（merfish）技术，并结合基于深度学习的核分割方法，以空间分辨的单细胞分辨率检查了人类胎儿皮层的分子、细胞和细胞结构发育。我们的广泛空间图谱涵盖了超过1800万个单细胞，跨越七个发育时间点的八个皮层区域。我们揭示了六层结构的早期建立，这可以通过兴奋性神经元亚型的层状分布来识别，比细胞结构层的出现早3个月。值得注意的是，我们在妊娠中期发现了两种不同的皮层区域特化模式：(1)沿前后轴观察到的大多数皮层区域的连续、渐进过渡；(2)早在妊娠第20周就明确识别出的初级（V1）和次级（V2）视觉皮层之间的离散、突然边界。这种V1-V2神经元亚型的急剧二元转变挑战了妊娠中期皮层区域化仅涉及梯度式转变的观点。此外，将单细胞RNA测序与斑马鱼整合后，发现V1特异性第4层神经元中突触形成早期上调。总体而言，我们的研究强调了空间关系在决定皮层各层和区域分子特异性中的关键作用。本研究建立了一个空间解析的单细胞分析范式，并为构建人类大脑的全面发育图谱铺平了道路。
高分文献三(Xenium技术)03
标题：气道壁的单细胞空间图显示了促炎细胞生态系统及其在健康和哮喘中的相互作用
文章标题：A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma
期刊：Nature immunology
影响因子：29
文章摘要：确定组织内细胞的空间位置，对于了解驻留细胞与炎症细胞之间的相互作用至关重要，是解开疾病驱动机制的关键因素。在此，我们应用单细胞空间转录组学揭示健康状态及哮喘期间气道壁的景观。我们识别出在健康和哮喘样本中存在于特定空间生态位内的促炎细胞生态系统。这些细胞中心的特点是高表达趋化因子和警报素，以及独特的基质细胞组合。从机制上看，我们证明了如ACKR1等受体在当地保留免疫介质，而表达双调蛋白的肥大细胞在这些促炎中心中尤为突出。尽管进行了抗炎治疗，哮喘气道黏膜仍表现出这些细胞生态系统内的独特重塑程序，表现为关键细胞类型之间距离的增加。本研究提供了前所未有的气道壁地形视图，揭示了空间生态位内的独特、具体的生态系统，为靶向治疗干预提供了依据。
高分文献四（10x HD文章）04
标题：结直肠癌中免疫细胞群体的高清空间转录组分析
文章标题：High-definition spatial transcriptomic profiling of immune cell populations in colorectal cancer
期刊：Nature genetics
影响因子：29
文章摘要：对结直肠癌（CRC）中细胞行为及其对肿瘤微环境（TME）反应的全面理解仍存在许多未知。本研究介绍了高清晰度的Visium空间转录组技术（Visium HD），并分析了5例福尔马林固定石蜡包埋的人类CRC样本。研究显示，Visium HD具有高灵敏度、单细胞分辨率和空间准确性，能够生成高度精细的CRC样本全转录组空间图谱。我们识别出在不同空间环境中，通过与肿瘤细胞和T细胞的相互作用，具有潜在促肿瘤和抗肿瘤功能的巨噬细胞亚群。原位基因表达分析验证了我们的发现，并定位了一个靠近具有抗肿瘤特征的巨噬细胞的克隆扩增T细胞群体。本研究展示了高分辨率空间技术在理解TME中细胞相互作用方面的强大能力，为更大规模的研究铺平了道路，这些研究将揭示CRC生物学机制和生物标志物，改善诊断和疾病管理策略。
高分文献五05
标题：创伤后应激障碍中人脑的单细胞转录组和染色质动力学
文章标题：Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD
期刊：Nature
影响因子：48.5
文章摘要：创伤后应激障碍（PTSD）是一种在经历极端创伤后出现的多基因疾病。近年来，研究开始深入探讨PTSD的分子生物学机制。然而，鉴于目前发现的PTSD影响的分子途径众多，认为单一细胞类型是唯一原因显得不太可能。本研究分析了111名患有或未患PTSD及重度抑郁症的个体死后收集的111个人脑背外侧前额叶皮层中超过200万个细胞核的分子反应。我们识别了神经元和非神经元细胞类型的集群、基因表达变化及转录调节因子，并以细胞类型特异性的方式绘制了PTSD的表观基因组调控图谱。分析显示，PTSD与抑制性神经元、内皮细胞和小胶质细胞中的基因变化有关，并揭示了与糖皮质激素信号传导、GABA能传递和神经炎症相关的基因和途径。我们进一步通过细胞类型特异性的空间转录组学验证了这些发现，确认了关键基因如SST和FKBP5的破坏。通过整合遗传、转录组和表观遗传数据，我们揭示了在细胞类型特异性背景下，破坏PTSD相关基因（如ELFN1、MAD1L1和KCNIP4）的可信变异的调控机制。这些发现共同提供了创伤应激反应对人类前额叶皮层持续影响的细胞特异性分子调控机制的全面描述。
