在现代生命科学研究中，蛋白质定量是深入理解生理功能、疾病机制及药物靶点的关键手段。不同于仅检测蛋白是否存在，定量分析能揭示蛋白表达水平的动态变化，对于生物标志物筛选、疾病亚型分类和机制研究具有重要价值。质谱（Mass Spectrometry, MS）作为蛋白质组学的核心技术，其定量策略大致可分为标记定量（Label-Based）和无标记定量（Label-Free）。其中，无标记定量方法因其流程简化、样本适应性强和成本控制优势，在近年来获得了广泛关注与应用。

一、什么是无标记定量（Label-Free Quantification, LFQ）？

1、原理概述

无标记定量是不依赖任何同位素或化学标记的质谱定量策略。研究者直接对不同样本中的蛋白酶解产物进行质谱分析，利用MS1阶段的离子峰强度或肽段谱图数量（spectral counting）来估算蛋白质的相对丰度。与标记定量方法相比，LFQ避免了标记步骤的干扰和成本，提高了实验的灵活性，尤其适合探索性研究和临床大队列样本的初步筛查。

2、核心优势

• 无需特殊试剂：省去了标记试剂的采购和优化步骤，简化实验流程。
• 样本类型广泛：适用于细胞、组织、血清、尿液等复杂样品。
• 成本效益高：更适合大样本量、多条件的实验设计。
• 方法重复性强：在稳定仪器平台和优化流程支持下，数据具有良好一致性。

二、LFQ实验流程及关键步骤

1、样品处理与蛋白酶解

LFQ对实验前处理的一致性要求较高。样品需在相同条件下提取蛋白、定量、还原烷基化，并使用胰蛋白酶进行规范酶解。实验过程中的每一步都需严格控制批间差异，以避免非生物学变异干扰后续分析。

2、LC-MS/MS数据采集

常用的数据采集模式包括DDA（Data-Dependent Acquisition）与DIA（Data-Independent Acquisition）：

• DDA模式依赖于质谱对高强度信号的实时选择，适合标准蛋白质组分析；
• DIA模式将所有肽段离子信息连续采集，提高了低丰度蛋白的覆盖率与数据一致性。

高分辨率质谱平台（如Orbitrap、TIMS-TOF）对无标记定量的准确性和深度具有决定性影响。

3、数据处理与定量分析

主流LFQ定量分析软件如MaxQuant、Proteome Discoverer、DIA-NN等，提供从原始数据读取、峰面积提取、归一化到统计分析的一体化流程。

📌数据处理需重点关注以下几个方面：

• 对齐和归一化：不同样本间保留时间的对齐及强度归一化，降低系统偏差；
• 缺失值处理：合理填补或剔除缺失值，避免误判差异蛋白；
• 统计分析：常用t检验、ANOVA等方法识别显著差异蛋白；
• 功能注释：结合GO/KEGG等数据库进行富集分析，挖掘潜在生物学意义。

三、无标记定量方法的典型应用场景

无标记定量在生物医学研究中有广泛用途，尤其在以下领域表现突出：

• 肿瘤组织蛋白表达分析：比较癌症患者肿瘤组织与邻近正常组织的蛋白表达差异，初步筛选潜在生物标志物。
• 药物处理前后蛋白变化监测：评估药物干预对细胞蛋白表达的影响，辅助解释药物作用机制与副作用风险。
• 疾病亚型分型研究：分析不同疾病亚型间的蛋白质组差异，为个性化治疗提供数据支持。

无标记定量作为蛋白组学中高效、灵活的定量手段，正逐步从实验室研究走向转化医学与产业化应用。它降低了质谱定量的技术门槛，为更多生命科学研究者打开了蛋白表达量化的大门。在研究不断精细化、样本来源日趋复杂的今天，LFQ的策略与工具也在持续演进。科学家需要结合研究目标、样本条件与资源状况，合理选择最适合的定量方法。百泰派克生物科技面向科研与产业客户提供高质量的定量蛋白组分析服务，助力科研从数据走向发现。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目